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"，与当时也在场的一个初中生侦探服部平次展开推理对决，后在父亲优作的提示下解开案件，与那位初中生侦探以不同方式同时向警方揭晓真相。
一年前在去往美国的飞机上，破解了飞天密室杀***，这是新一侦探生涯的正式开始。
不久后在纽约，新一救下了本欲杀死毛利兰，却因栏杆失修险些坠楼，假扮银发杀人魔的贝尔摩得。
新一在解决发生在米花水族馆的事件时不小心把小兰新买的手机弄坏了。
作为赔礼，在与小兰去游乐园时无意间目睹了黑衣组织暗中进行的非法交易，被偷偷接近的同伙打昏后灌下黑衣组织尚在研发中的药物APTX4869，身体意外缩小成7岁小学生。
之后新一听从阿笠博士的建议，以"江户川柯南"为化名寄住在小兰的父亲毛利小五郎的侦探事务所中暗中调查组织的活动。
工藤新一遇袭身体变小后推理天份没有减退，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，且新一本想用毛利小五郎来找出使自己缩小的黑衣组织，但无奈于小五郎是个"名侦探"。
因此阿笠博士为新一发明了手表型***、蝴蝶结变声器等道具。新一以***让小五郎睡着，通过变声器帮助毛利小五郎解决案子，让小五郎成为有"沉睡的小五郎"之称的名侦探。同时继续秘密调查追踪黑衣组织。
新一在变小之后，一直急切追查黑衣组织的下落。
宫野明美化名广田雅美，到毛利侦探事务所委托寻人，后被琴酒灭口，柯南在明美临死前赶到，明美透露她属于一个神秘的黑色组织。
在新干线火车上，他遇到了将其灌药变小的两名组织成员，通过**获知他们的代号是"琴酒"和"伏特加"。
因为小五郎参与满天堂公司的产品发布会，新一偶遇了组织成员龙舌兰，但其旋即被误炸而死，组织的痕迹也被湮灭。
新一结识了关西的高中生侦探服部平次，并且变小后伪装成柯南的事情被平次发现。二人随后成为挚友，新一在追查组织时经常征求平次的意见。
帝丹小学一年B班来了一名新的转学生灰原哀。她原名宫野志保，是宫野明美的妹妹，同时也是组织的科学家，代号雪莉，因为反抗组织被监禁，服下APTX4869而缩小逃离组织，来到新一家门口，被阿笠博士救下并收留。
灰原提到，APTX4869的药物资料在姐姐熟识的教授广田正己的磁片中存留有一份，一行人立刻赶往广田正巳处，不料其已被卷入杀***中被害。新一借助阿笠博士解决了案件之后才得知广田雅美正是志保的姐姐。
存有资料的磁片被警方收取，而赶往广田家的琴酒和伏特加也随之撤退。一周后，磁片被退回，不料磁片早被做了手脚，磁片遭病毒攻击，内中资料全毁。
这之后的某一天，新一和灰原偶然发现了琴酒的保时捷，意欲跟踪时被琴酒发现了安装的跟踪器，但依然得知组织成员皮斯克将在杯户饭店进行暗杀行动。
他们赶到时琴酒却已将发现雪莉会到杯户饭店一事告知了皮斯克。
皮斯克暗杀成功后发现灰原，将她迷昏后藏在饭店酒窖。新一与灰原取得联系后让她喝下白干。
灰原恢复身体，从烟囱逃至饭店顶楼，遇到埋伏的琴酒和伏特加，身中数枪。
新一赶到后用***击中琴酒，同时灰原由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。
皮斯克在准备处决灰原时，新一再次赶到解救了灰原，而皮斯克则因暗杀**现了重大失误被琴酒灭口。
灰原感觉当时还有其他组织成员在场，新一也通过手帕颜色推理出当时在场的美国女星克丽丝·温亚德也是组织一员。
新一相继结识新出智明、茱蒂·斯泰琳、詹姆斯·布莱克，而曾同乘一辆车的赤井秀一监视毛利侦探事务所，跟踪灰原。
高木警官告诉柯南，警视厅毛利侦探办过的案子案卷都被偷走，这引起了新一的紧张，新一在基本确定克丽丝是组织成员的同时怀疑茱蒂是克丽丝假扮，并与服部平次一起去试探茱蒂的身份。
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中新一了解到他就是当年在电玩公司杀***中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。
最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记，了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。
板仓的日记中提到黑衣组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流。
柯南与小兰遇到赤井秀一，小兰的反应使新一得知她曾见过赤井。
哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。案件解决后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
博士带新一和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，新一在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带。
贝尔摩得利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开新一而刺杀哀。
知道新出为贝尔摩得假扮的茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩得引入陷阱，但贝尔摩得将计就计作了安排；另一方面，新一邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触。
哀不放心柯南去，跟踪前往；小兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。
贝尔摩得不让向小兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了小兰，同时新一听到了贝尔摩得给那位先生发邮件时的按键音。
自此之后，新一得知茱蒂和赤井一行的FBI身份，与FBI建立了合作关系。
新一听到山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。但灰原警告柯南，这是不可开启的潘多拉之盒。
新一发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了新一的警觉。
新一和灰原进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，水无醒来后承认自己就是瑛海。柯南与赤井共同推理出瑛海是CIA在组织中的卧底，并与赤井秀一定下了送瑛海回组织，赤井被瑛海"杀死"的大计划。
赤井假死后化名冲矢昴，由工藤有希子易容，后来冲矢昴搬到新一家，有希子每周都要回来检查赤井的易容情况。
戴着神秘列车戒指的灰原在事件中被迫服药暂时恢复身体，视频还被发到了网上。组织果然登上了列车，新一因此请来母亲和冲矢昴登上列车，并拜托怪盗基德化装成志保保护了她，并且搞清了安室透就是组织的波本。
列车篇事件过后，柯南以为安室透不会再出现，结果在网球场遇到安室，非常惊讶。
通过与高木警官的对话，新一推理出神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其"妻子"为波本和贝尔摩德假扮，非常紧张。
新一不断怀疑身边的安室，后来推理出安室是警察卧底，大胆进行了试探，但安室并未承认。
安室来到杯户中央医院调查楠田陆道之死，与贝尔摩得一同套出了楠田在车中开枪自杀的情报，使新一非常紧张。
柯南与冲矢昴、阿笠博士和父母定下了对策。
安室突袭新一家未果，被瞒过了冲矢昴就是赤井。
而赤井也根据安室的绰号"零"调查出了安室透的真名为降谷零及其公安警察卧底身份，与此同时，瑛海发来了朗姆出动的情报。
"，与当时也在场的一个初中生侦探服部平次展开推理对决，后在父亲优作的提示下解开案件，与那位初中生侦探以不同方式同时向警方揭晓真相。
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不久后在纽约，新一救下了本欲杀死毛利兰，却因栏杆失修险些坠楼，假扮银发杀人魔的贝尔摩得。
新一在解决发生在米花水族馆的事件时不小心把小兰新买的手机弄坏了。
作为赔礼，在与小兰去游乐园时无意间目睹了黑衣组织暗中进行的非法交易，被偷偷接近的同伙打昏后灌下黑衣组织尚在研发中的药物APTX4869，身体意外缩小成7岁小学生。
之后新一听从阿笠博士的建议，以"江户川柯南"为化名寄住在小兰的父亲毛利小五郎的侦探事务所中暗中调查组织的活动。
工藤新一遇袭身体变小后推理天份没有减退，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，且新一本想用毛利小五郎来找出使自己缩小的黑衣组织，但无奈于小五郎是个"名侦探"。
因此阿笠博士为新一发明了手表型***、蝴蝶结变声器等道具。新一以***让小五郎睡着，通过变声器帮助毛利小五郎解决案子，让小五郎成为有"沉睡的小五郎"之称的名侦探。同时继续秘密调查追踪黑衣组织。
新一在变小之后，一直急切追查黑衣组织的下落。
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在新干线火车上，他遇到了将其灌药变小的两名组织成员，通过**获知他们的代号是"琴酒"和"伏特加"。
因为小五郎参与满天堂公司的产品发布会，新一偶遇了组织成员龙舌兰，但其旋即被误炸而死，组织的痕迹也被湮灭。
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新一赶到后用***击中琴酒，同时灰原由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。
皮斯克在准备处决灰原时，新一再次赶到解救了灰原，而皮斯克则因暗杀**现了重大失误被琴酒灭口。
灰原感觉当时还有其他组织成员在场，新一也通过手帕颜色推理出当时在场的美国女星克丽丝·温亚德也是组织一员。
新一相继结识新出智明、茱蒂·斯泰琳、詹姆斯·布莱克，而曾同乘一辆车的赤井秀一监视毛利侦探事务所，跟踪灰原。
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自此之后，新一得知茱蒂和赤井一行的FBI身份，与FBI建立了合作关系。
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新一发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了新一的警觉。
新一和灰原进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，水无醒来后承认自己就是瑛海。柯南与赤井共同推理出瑛海是CIA在组织中的卧底，并与赤井秀一定下了送瑛海回组织，赤井被瑛海"杀死"的大计划。
赤井假死后化名冲矢昴，由工藤有希子易容，后来冲矢昴搬到新一家，有希子每周都要回来检查赤井的易容情况。
戴着神秘列车戒指的灰原在事件中被迫服药暂时恢复身体，视频还被发到了网上。组织果然登上了列车，新一因此请来母亲和冲矢昴登上列车，并拜托怪盗基德化装成志保保护了她，并且搞清了安室透就是组织的波本。
列车篇事件过后，柯南以为安室透不会再出现，结果在网球场遇到安室，非常惊讶。
通过与高木警官的对话，新一推理出神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其"妻子"为波本和贝尔摩德假扮，非常紧张。
新一不断怀疑身边的安室，后来推理出安室是警察卧底，大胆进行了试探，但安室并未承认。
安室来到杯户中央医院调查楠田陆道之死，与贝尔摩得一同套出了楠田在车中开枪自杀的情报，使新一非常紧张。
柯南与冲矢昴、阿笠博士和父母定下了对策。
安室突袭新一家未果，被瞒过了冲矢昴就是赤井。
而赤井也根据安室的绰号"零"调查出了安室透的真名为降谷零及其公安警察卧底身份，与此同时，瑛海发来了朗姆出动的情报。